Dejando atrás la incesante acción y las magní*ficas batallas contra los striders y las fuerzas de la Alianza en Ciudad 17, te encuentras en un túnel bajo las murallas que te dará acceso a los cimientos de la Ciudadela. Deberás ir descendiendo por las rocas hasta unas tuberí*as, desde las cuales podrás saltar a una estructura que está venga a subir y bajar. Desde ella, puedes, a su vez, colarte por una abertura y avanzar con cuidado hasta llegar a un corredor, ya dentro de la Ciudadela. Llegarás a una zona en la que se fabrican las "prisiones" de la Alianza. Deberás pasar al otro lado sin caerte por la zona central, junto a las columnas y bajar al suelo que hay al lado izquierdo, al fondo. Verás la larga cadena de montaje, vigilada por algunos escáneres. Continúa por la izquierda hasta llegar a un puente de cristal. Verás cómo se abren dos de las "prisiones" para subirte. Métete en la del otro lado, la que se dirige hacia la izquierda. A lo largo de este viaje o escursión por la Ciudadela, descubrirás muchas cosas y te preguntarás otras tantas. Verás, por ejemplo, los experimentos que realizaron los Combine con los humanos. Lo mejor de esta parte es observar con una gran atención para que no se escapen detalles. Al final, la "prisión" te soltará en una gran sala, en la que, para tu desgracia, te quitarán todas tus armas, y con un rayo te destruirán todas... Menos una, que con la sobrecarga se convertirá en la gran atracción para la recta final del juego. El arma anti-gravedad se ha convertido en una superarma, capaz de coger objetos gigantescos, personas... y lanzarlos con una fuerza bestial. Ahora vete a probarla, saliendo de esta sala. Te aparecerán unos cuantos soldados. Prueba a cogerlos (una fuerte descarga los matará) y a lanzarlos contra ellos. El doctor Breen hará una nueva aparición, aunque lo verás más veces. Cuando uses el panel para el traje del protección te llevarás otra sorpresa: te recarga vida y hasta 200 puntos del traje... Avanza por las pasarelas de cristal, eliminando a todos los soldados que te saldrán hasta llegar a una sala en la que Breen se volverá a dirigir a tí*. Avanza hasta llegar a lo que parece ser una sala de un reactor. Vendrán hacia tí* más soldados. Sal por la derecha, subiendo por el ascensor. Para quitar la red eléctrica que te impide el paso, quita el núcleo de la izquierda y elimina a los dos soldados. La rampa de la derecha te lleva a un panel y a una sala con muchos núcleos y a la que se dirigirán un montón de soldados. Una vez elimines a todos, sal por el pasillo de la izquierda, por el que te encontrarás un nuevo panel. En la siguiente sala te aparecerá, nuevamente, Breen, seguido de toda una horda de soldados. Deberás pulsar el interruptor, al otro lado de la pasarela, para que baje un elevador. Mientras esperas, tendrás montones de soldados, robo-sierras y escáneres para eliminar. Durante la subida, tendrás mucha compañí*a, así* que usa los núcleos o intenta atrapar a los soldados. Una vez arriba, Breen hará una nueva aparición. Usa el panel y continúa por el pasillo hasta un nuevo reactor, donde volverás a ser atacado. La salida es el pasillo de la derecha, con otro panel, que te llevará a una enorme zona de almacenamiento. Baja para encontrarte con un pelotón de soldados y un strider. Los primeros son fáciles de eliminar, pero para hacerlo con el segundo, deberás estar lo suficientemente cerca como para poder coger los núcleos y lanzárselos (con tres bastarán). Luego podrás observar los cachitos del strider... Breen hará una nueva aparición, ya desesperado, pero como no le harás ni caso, saca los tres núcleos para quitar la red eléctrica y poder bajar al corredor de abajo. Usa el panel del fondo y dirí*gete hacia una de las prisiones que se detenga, para poder subirte a ella y realizar un nuevo viaje. Pero esta vez sale mal y te detectan... Comienzas a subir y subir. Verás nuevas cosas, como enormes aliens desfilando por la Ciudadela o Ciudad 17 desde lo más alto. Pero esto parece que no termina nunca de subir... ¿Tal vez estás cerca del final?